Poseidon và Apollo đã xúc phạm đến thần Zeus, vì đã gây ra cuộc nổi loạn chống lại Zeus dưới bàn tay xúi giục của Hera. Thần Zeus tức giận đã tước quyền thiêng liêng của họ và bắt phải phục vụ dưới quyền vua Laomedon thành Troy. Dưới sự sai bảo của Vua Laomedon, ông đã xây dựng các bức tường thành lớn vững chắc xung quanh thành phố cho thành Troy. Nhưng sau đó, trước cuộc chiến thành Troy, ông đã trả thù bằng cách gửi một con quái vật biển đến tấn công thành Troy. Heracles đã ra tay giết con quái vật.

Trong cuộc chiến thành Troy, Poseidon đứng về phía Agamemmon. Ông có công bắt người thầy tu đã phát hiện ra âm mưu của quân Hy Lạp và giúp quân Hy Lạp chiến thắng với truyền thuyết Con ngựa thành Troy. Tuy nhiên mọi chiến công của ông nhanh chóng bị lãng quên khi các chiến binh Hy Lạp trên đường trở về bị chết bởi sức mạnh của biển cả và chôn vùi dưới đáy đại dương. Odysseus có lẽ là vị tướng may mắn nhất khi thoát được về Ithaca sau nhiều năm lênh đênh trên đại dương nhờ sự giúp đỡ từ Athena. Agamemnon thì bị giết khi trở về nhà bởi chính người vợ của mình, tương truyền là do cô ta đã ngoại tình khi vị vua này ra đi.